Le virus West Nile appartient au genre Flavivirus et a été identifié pour la première fois en Afrique (Ouganda, 1937) où il est endémique. A partir de ce continent, il est régulièrement ré-introduit en Europe par des oiseaux migrateurs.

L'infection à virus West Nile est une zoonose dont le cycle sauvage implique un vecteur (un moustique du genre Culex le plus souvent) et l'avifaune sauvage (oiseaux migrateurs) qui jouent un rôle d'amplificateur du virus (multiplication importante du virus chez l'oiseau à l'origine de la contamination de nombreux moustiques).
Cette zoonose peut atteindre également des espèces aviaires domestiques (canards, poules, etc.) et des hôtes sensibles comme l'homme et les équidés. Le cheval et l'homme sont des hôtes accidentels du cycle, contaminés par la piqûre d'un moustique infecté. Néanmoins, il n'y a pas de transmission d'homme à homme, ni de cheval à cheval, ni du cheval à l'homme.

L'infection passe habituellement inaperçue chez l'homme. La maladie se présente le plus souvent sous la forme d'un syndrome grippal bénin d'évolution le plus souvent spontanément favorable, mais qui peut se compliquer de manifestations neurologiques (méningites, méningo-encéphalites, polyradiculonévrites). Des enquêtes épidémiologiques réalisées à New York pendant l'épidémie de 1999 ont montré que environ 1 personne infectée sur 5 présentait des symptômes, et 1 personne infectée sur environ 150 développait une forme neurologique grave. A noter que ces chiffres peuvent varier en fonction de la souche virale et de l'exposition antérieure de la population au virus West Nile.

La première épidémie a été identifiée en Israël dans les années 50, suivie par d'autres épidémies, de gravité et d'ampleur variables, dans plusieurs pays occidentaux, y compris en France métropolitaine (1962-65), et plus récemment en Roumanie (1996-97), en République Tchèque (1997), en Russie (1999), en Israël (2000) et aux Etats-Unis (1999-2003). En Europe, la circulation du virus est limitée à la période d'activité des moustiques, de mai à fin octobre ou début novembre.

En 1963, une épidémie impliquant 19 cas humains est survenue en Camargue simultanément à une épizootie chez les chevaux. La même souche virale fut alors isolée chez les hommes, les chevaux et chez des moustiques de l'espèce Culex modestus.

Aucune autre activité n'a été détectée en France jusqu'en 2000. Entre août et novembre 2000, dans les départements de l'Hérault, des Bouches-du-Rhône et du Gard, une épizootie s'est déclarée, touchant 141 chevaux dont 78 ont présenté des symptômes de l'infection, et 20 sont décédés. Le virus a été identifié et typé. Aucun cas humain n'a été identifié.

A la suite de cette épizootie, un système de surveillance a été mis en place au printemps 2001 et est reconduit chaque année du 1er mai au 31 octobre. Il associe une surveillance des cas chez l'homme, chez les chevaux et chez les oiseaux.

En août et septembre 2003, sept cas ont été identifiés chez des personnes résidant dans le Var ainsi que quatre cas équins dans le même département.
En 2004, 33 chevaux et 13 oiseaux ont été identifiés en Camargue en septembre. Aucun cas humain n'est survenu.
En 2005, aucune circulation virale n'a été mise en évidence.
En 2006, Un cas d'encéphalite à virus West Nile chez un cheval dans les Pyrénées Orientales (Argeles sur Mer) a été signalé ce jour par la Direction générale de l'alimentation qui coordonne la surveillance animale du virus. Six suspicions d'encéphalites à virus West Nile chez des chevaux localisés dans un rayon de 15 Km, sont en cours d'investigation.